A human antibody reveals a conserved site on beta-coronavirus spike proteins and confers protection against SARS-CoV-2 infection

Przeciwciała o szerokim spektrum neutralizujące (bnAbs) przeciwko koronawirusom (CoV) są cenne same w sobie jako odczynniki profilaktyczne i terapeutyczne do leczenia różnych CoV i, co ważne, jako szablony do racjonalnego projektowania szczepionek przeciwko CoV. Niedawno opisaliśmy bnAb, CC40.8, od dawcy po chorobie koronawirusowej 2019 (COVID-19), który wykazuje szeroką reaktywność z ludzkimi beta-koronawirusami (β-CoV). Tutaj wykazaliśmy, że CC40.8 celuje w konserwatywny region macierzysty-helisa S2 maszynerii fuzyjnej kolca koronawirusa.
Określiliśmy strukturę krystaliczną Fab CC40.8 z peptydem macierzystym SARS-CoV-2 S2 przy rozdzielczości 1,6 Å i stwierdziliśmy, że peptyd przyjął strukturę głównie spiralną. Konserwowane reszty w β-CoV oddziaływały z przeciwciałem CC40.8, zapewniając w ten sposób podstawę molekularną dla jego szerokiej reaktywności. CC40.8 wykazywał in vivo skuteczność ochronną przeciwko prowokacji SARS-CoV-2 w dwóch modelach zwierzęcych.
W obu modelach zwierzęta leczone CC40.8 wykazywały mniejszą utratę wagi i zmniejszone miana wirusa w płucach w porównaniu do kontroli. Ponadto zauważyliśmy, że bnAb podobne do CC40.8 są stosunkowo rzadkie w przypadku infekcji u ludzi COVID-19, a zatem ich wywołanie może wymagać racjonalnych, opartych na strukturze strategii projektowania szczepionek. Podsumowując, nasze badanie opisuje cel na białkach wypustek β-CoV dla ochronnych przeciwciał, które mogą ułatwić rozwój szczepionek pan-β-CoV.

Mutacje w domenie wiążącej receptor  ludzkiego białka wypustkowego   SARS CoV-2   zwiększają jego powinowactwo do wiązania  ludzkiego  receptora ACE-2

Zakażenie wirusem zespołu ostrej ostrej niewydolności oddechowej-2 (SARS CoV-2) spowodowało obecną globalną pandemię. Wiązanie domeny wiążącej receptor białka kolczastego SARS CoV-2 (RBD) z ludzkim receptorem enzymu konwertującego angiotensynę-2 (ACE-2) powoduje infekcję gospodarza. Białko kolczaste przeszło kilka mutacji w odniesieniu do początkowego szczepu wyizolowanego w grudniu 2019 r. z Wuhan w Chinach. Wiele z tych zmutowanych szczepów zostało zgłoszonych jako warianty będące przedmiotem zainteresowania i jako warianty monitorowane. Wiadomo, że niektóre z tych mutantów są odpowiedzialne za zwiększoną przenośność wirusa.
Przyczynę zwiększonej zdolności przenoszenia powodowanej przez mutacje punktowe można zrozumieć, badając implikacje strukturalne i interakcje międzycząsteczkowe w wiązaniu wirusowego białka wypustek RBD i ludzkiego ACE-2. Tutaj używamy struktury krystalicznej RBD w kompleksie z ACE-2 dostępnym w domenie publicznej i analizujemy 250 ns symulacje dynamiki molekularnej (MD) typu dzikiego i mutantów; K417N, K417T, N440K, N501Y, L452R, T478K, E484K i S494P. Scharakteryzowano oddziaływania jonowe, hydrofobowe i wiązania wodorowe, elastyczność reszt aminokwasowych, energie wiązania i zmiany strukturalne. Symulacje MD dostarczają wskazówek dotyczących molekularnych mechanizmów wiązania receptora ACE-2 w kompleksach typu dzikiego i zmutowanych. Zmutowane białka wypustek RBD były związane z większym powinowactwem wiązania z receptorem ACE-2.
Human CellExp SARS-CoV-2 spike protein

Human CellExp SARS-CoV-2 spike protein

Analizy in silico  dotyczące potencjału porównawczego terapeutycznych  ludzkich  przeciwciał monoklonalnych wobec nowo powstałych wariantów SARS-CoV-2 zawierających zmutowane  białko wypustek

Od początku pandemii SARS-CoV-2 zainfekował już ponad 250 milionów ludzi na całym świecie, z ponad pięcioma milionami przypadków śmiertelnych i ogromnymi stratami społeczno-ekonomicznymi. Oprócz kortykosteroidów i leków przeciwwirusowych, takich jak remdesiwir, w leczeniu pacjentów z COVID-19 badano różne immunoterapie, w tym przeciwciała monoklonalne (mAb) przeciwko białku S SARS-CoV-2. Te mAb zostały początkowo opracowane przeciwko SARS-CoV-2 typu dzikiego; jednak pojawienie się wariantów form SARS-CoV-2 posiadających mutacje w białku wypustek w kilku krajach, w tym w Indiach, wywołało poważne pytania dotyczące potencjalnego zastosowania tych mAb przeciwko wariantom SARS-CoV-2. W tym badaniu, stosując  podejście in silico  , zbadaliśmy zdolności wiązania ośmiu mAb przeciwko kilku SARS-CoV-2warianty linii Alpha (B.1.1.7) i Delta (B.1.617.2).
Strukturę regionu Fab każdego mAb zaprojektowano  in silico  i poddano molekularnemu dokowaniu przeciwko każdemu zmutowanemu białku. mAb poddano dwóm poziomom selekcji w oparciu o ich energię wiązania, stabilność i elastyczność konformacyjną. Nasze dane pokazują, że tiksagewimab, regdanwimab i cilgawimab mogą skutecznie neutralizować większość szczepów SARS-CoV-2 Alpha, podczas gdy tiksagewimab, bamlanivimab i sotrovimab mogą tworzyć stabilny kompleks z wariantami Delta.
W oparciu o te dane zaprojektowaliśmy  in silico przeciwciało chimeryczne przez sprzęganie CDRH3 regdanimabu ze szkieletem sotrowimabu w celu zwalczania wariantów, które potencjalnie mogłyby uciec przed neutralizacją za pośrednictwem mAb. Nasze odkrycie sugeruje, że chociaż obecnie dostępne mAb mogą być stosowane do leczenia COVID-19 wywołanego przez warianty SARS-CoV-2, można oczekiwać lepszych wyników w przypadku przeciwciał chimerycznych.

OMICRON SARS-COV-2 VARIANT  SPIKE  PROTEIN  WYKAZUJE ZWIĘKSZONE POWINOWACTWO DO  LUDZKIEGO  RECEPTORA ACE2: ANALIZA IN SILICO

Pojawienie się wariantów SARS-CoV-2, wraz ze zmianami, które mogą być związane ze zwiększoną patogennością wirusa, wzbudziło zainteresowanie środowiska naukowego i medycznego. W tym badaniu oceniliśmy zmiany, które wystąpiły w wirusowym skoku wariantu SARS-CoV-2 Omicron i czy zmiany te modulują interakcje z receptorem gospodarza enzymu konwertującego angiotensynę 2 (ACE2). Mutacje związane z wariantem Omicron pobrano z baz danych GISAID i covariants.org, a przy użyciu serwera SWISS-Model zbudowano model strukturalny.
Interakcja między kolcem a ludzkim ACE2 została oceniona przy użyciu dwóch różnych programów dokujących, Zdock i Haddock. Odkryliśmy, że energia swobodna wiązania była niższa dla wariantu Omicron w porównaniu z kolcem WT. Ponadto białko kolców Omicron wykazało większą liczbę oddziaływań elektrostatycznych z ACE2 niż kolce WT, zwłaszcza oddziaływań związanych z naładowanymi resztami. Badanie to przyczynia się do lepszego zrozumienia zmian w interakcji między kolcem Omicron a receptorem ACE2 ludzkiego gospodarza.

ENOKSAPARYNA I POLISIARCZAN PENTOZANU WIĄŻĄ SIĘ Z  BIAŁKIEM WYPUSTKOWYM  SARS-COV-2  I  LUDZKIM  RECEPTOREM ACE2, HAMUJĄC INFEKCJĘ KOMÓRKAMI VERO

Podobnie jak w przypadku wielu innych patogenów, infekcja komórek SARS-CoV-2 jest silnie zależna od interakcji białka Spike na powierzchni wirusa z glikozaminoglikanami komórek docelowych. Wcześniej wykazano, że glikoproteina SARS-CoV-2 Spike oddziałuje z siarczanem heparanu i heparyną eksponowanymi na powierzchni komórki in vitro. Mając na celu zastosowanie enoksaparyny jako leczenia pacjentów z COVID-19 i jako profilaktyki zapobiegającej interpersonalnej transmisji wirusa, zbadaliśmy wiązanie GAG ​​z białkiem Spike pełnej długości, a także z jego domeną wiążącą receptor (RBD) w roztworze przez izotermę miareczkowanie fluorescencji.

SARS-CoV Spike Protein

abx060655-1mg Abbexa 1 mg 1692 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD), Recombinant

P1530-10 Biovision 10 µg 156 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD), Recombinant

P1530-50 Biovision 50 µg 591 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1), Recombinant

P1531-10 Biovision 10 µg 196 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1), Recombinant

P1531-50 Biovision 50 µg 591 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2), Recombinant

P1547-10 Biovision 10 μg 196 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2), Recombinant

P1547-50 Biovision 50 μg 652 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1), Recombinant

P1555-10 Biovision 10μg 196 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1), Recombinant

P1555-50 Biovision 50μg 591 EUR

SARS-CoV-2 Spike Peptide

9083P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

SARS-CoV-2 Spike Peptide

9087P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

SARS-CoV-2 Spike Peptide

9091P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

SARS-CoV-2 Spike Peptide

9095P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; S1), Recombinant

P1524-10 Biovision 10 µg 277 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; S2), Recombinant

P1525-10 Biovision 10 µg 277 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; RBD), Recombinant

P1529-10 Biovision 10 µg 196 EUR

Human CellExp™ Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; RBD), Recombinant

P1529-50 Biovision 50 µg 591 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3219-002mg ProSci 0.02 mg 171.82 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3219-01mg ProSci 0.1 mg 436.42 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3221-002mg ProSci 0.02 mg 171.82 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3221-01mg ProSci 0.1 mg 436.42 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3223-002mg ProSci 0.02 mg 171.82 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3223-01mg ProSci 0.1 mg 436.42 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3225-002mg ProSci 0.02 mg 171.82 EUR

SARS-CoV Spike Antibody

3225-01mg ProSci 0.1 mg 436.42 EUR

SARS-CoV spike protein Antibody

abx023139-100ug Abbexa 100 ug 857 EUR

SARS-CoV spike protein Antibody

abx023143-100ug Abbexa 100 ug 857 EUR

SARS-CoV-2 Spike S2 Peptide

9119P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

SARS-CoV-2 Spike S2 Peptide

9123P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1; His-tag), Recombinant

P1532-10 Biovision 10 µg 156 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (S1; His-tag), Recombinant

P1532-50 Biovision 50 µg 551 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD 310-568), Recombinant

P1543-10 Biovision 10 µg 156 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD 310-568), Recombinant

P1543-50 Biovision 50 µg 480 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD; 331-524), Recombinant

P1544-10 Biovision 10 µg 156 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Spike Protein (RBD; 331-524), Recombinant

P1544-50 Biovision 50 µg 480 EUR

Sars-Cov, Spike (Middle) Recom Protein

abx060656-1mg Abbexa 1 mg 1692 EUR

Anti-SARS-CoV-2 Spike S1 Antibody

A3000-50 Biovision 50 µg 419 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody

3525-002mg ProSci 0.02 mg 171.82 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody

3525-01mg ProSci 0.1 mg 436.42 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; ECD)

P1533-10 Biovision 10 µg 196 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; ECD)

P1533-50 Biovision 50 µg 591 EUR

SARS-CoV-2(COVID-19) Spike Recombinant Protein

10-411 ProSci 0.1 mg 595.25 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Recombinant Protein

11-073 ProSci 0.1 mg 579.5 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Recombinant Protein

20-233 ProSci 0.1 mg 605.75 EUR

Sars-Cov, Spike (N-Term) Recom Protein

abx060657-1mg Abbexa 1 mg 1873 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV S2)

P1519-10 Biovision 10µg 156 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV S2)

P1519-50 Biovision 50µg 551 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Nucleoprotein, Recombinant

P1554-10 Biovision 10 µg 176 EUR

Human CellExp™ SARS-CoV-2 Nucleoprotein, Recombinant

P1554-50 Biovision 50 µg 551 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody (biotin)

3525-biotin-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody (biotin)

3525-biotin-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody (HRP)

3525-HRP-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Antibody (HRP)

3525-HRP-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Antibody

9083-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Antibody

9083-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Antibody

9087-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Antibody

9087-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike 681P Antibody

9091-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike 681P Antibody

9091-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 Antibody

9119-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 Antibody

9119-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 Antibody

9123-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 Antibody

9123-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 Spike P26S Antibody (Gamma Variant)

9573-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 Spike P26S Antibody (Gamma Variant)

9573-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR

SARS-CoV-2 Spike P26S Peptide (Gamma Variant)

9573P ProSci 0.05 mg 196.25 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Matched Pair

MPS-0001 ProSci 1 Set 857.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Matched Pair

MPS-0002 ProSci 1 Set 857.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Matched Pair

MPS-0003 ProSci 1 Set 857.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Matched Pair

MPS-0004 ProSci 1 Set 857.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike Matched Pair

MPS-0005 ProSci 1 Set 857.75 EUR

SARS-CoV-2 Spike RBD protein antibody pair 1

CSB-EAP33245 Cusabio 1 pair 750 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; His tag)

P1528-10 Biovision 10 µg 196 EUR

Recombinant Coronavirus Spike Protein (SARS-CoV-2; His tag)

P1528-50 Biovision 50 µg 591 EUR

Recombinant SARS-CoV-2 Spike Protein S1 (His-tag)

P1540-10 Biovision 10 µg 176 EUR

Recombinant SARS-CoV-2 Spike Protein S1 (His-tag)

P1540-50 Biovision 50 µg 682 EUR

Recombinant SARS-CoV-2 Spike Protein S1 (Fc tag)

P1541-10 Biovision 10 µg 176 EUR

Recombinant SARS-CoV-2 Spike Protein S1 (Fc tag)

P1541-50 Biovision 50 µg 682 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike-RBD Recombinant Protein

10-008 ProSci 0.1 mg 595.25 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike-RBD Recombinant Protein

10-015 ProSci 0.1 mg 595.25 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Recombinant Protein

10-100 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-107 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-109 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-111 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Recombinant Protein

10-117 ProSci 0.1 mg 626.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-118 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Recombinant Protein

10-204 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Recombinant Protein

10-206 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-207 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-209 ProSci 0.1 mg 542.75 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

10-300 ProSci 0.1 mg 527 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD Recombinant Protein

10-303 ProSci 0.1 mg 527 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

21-805 ProSci 50 ug 390.5 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Recombinant Protein

21-807 ProSci 50 ug 364.25 EUR

SARS CoV-2 full length spike protein nanodisc complex

21-817 ProSci 0.025 mg 1640 EUR

Recombinant SARS-CoV Spike protein [GST] (37 kDa)

VAng-Wyb8620-inquire Creative Biolabs inquire Ask for price

Recombinant SARS-CoV Spike protein [GST] (38 kDa)

VAng-Wyb8621-inquire Creative Biolabs inquire Ask for price

Anti-SARS-CoV-2 Spike S1 Antibody (Clone# 4C6)

A3001-50 Biovision 50 µg 419 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Antibody (biotin)

9083-biotin-002mg ProSci 0.02 mg 191.42 EUR

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 Antibody (biotin)

9083-biotin-01mg ProSci 0.1 mg 495.22 EUR
  • Odkryliśmy, że enoksaparyna wiązała się z obydwoma wariantami białka z podobnym powinowactwem w porównaniu z naturalnym ligandem GAG siarczanem heparanu (o wartościach Kd w zakresie 600-680 nM).
  • Stosując fragmenty enoksaparyny o określonej wielkości, odkryliśmy optymalne wiązanie dp6 lub dp8 dla białka Spike o pełnej długości, podczas gdy RBD nie wykazywał znaczącego , zależnego od długości łańcucha powinowactwa do oligosacharydów heparyny.
  • Stwierdzono, że rozpuszczalny receptor ACE2 oddziałuje z niefrakcjonowanymi GAG w zakresie niskich µM Kd, ale z heparynami o określonej wielkości z wyraźnie poniżej µM wartościami Kd. Co ciekawe, strukturalny analog heparyny, polisiarczan pentozanu (PPS), wykazywał wysokie powinowactwo wiązania z obydwoma wariantami Spike, a także z receptorem ACE2.
  • W doświadczeniach z infekcją wirusową, zarówno enoksaparyna, jak i PPS wykazały silne hamowanie infekcji w zakresie stężeń 50-500 µg/ml. Stwierdzono, że oba związki zachowują swoje działanie hamujące przy 500 µg/ml w naturalnej, podobnej do biomatrycy, ludzkiej plwocinie.
  • Nasze dane sugerują wczesne miejscowe leczenie infekcji SARS-CoV-2 za pomocą wziewnej enoksaparyny; niektóre badania kliniczne w tym kierunku są już w toku, a ponadto sugerują doustną lub donosową profilaktyczną inaktywację wirusa przez enoksaparynę lub PPS w celu zapobiegania międzyosobowej transmisji wirusa.

Leave a Comment